Dzieci żydowskie
Najliczniejszą grupę dzieci i młodocianych przywiezionych do obozu stanowiły dzieci pochodzenia żydowskiego. Kierowane były do obozu najczęściej wraz z dorosłymi już od pierwszych miesięcy 1942 r. w ramach tzw. ostatecznego rozwiązania kwestii żydowskiej, czyli całkowitej zagłady ludności żydowskiej w Europie. Dzieci te jako niezdolne do pracy były od razu z rampy wyładowczej kierowane do komór gazowych i tam uśmiercane. Wśród wybranych do pracy czasami znajdowała się pewna niewielka liczba młodocianych, chłopców i dziewcząt, a w 1944 r. z uwagi na duży brak rąk do pracy do obozu kierowano nawet 13-14 letnie dzieci, i zatrudniano np. w rafinerii w Trzebini, czy w kopalni węgla kamiennego w Jawiszowicach. Ponadto od połowy 1943 r. wybierano z transportów żydowskich dla lekarzy SS, w tym dr. Josefa Mengele, dzieci przydatne do zbrodniczych eksperymentów pseudomedycznych.
Nieco inny był także los dzieci z transportów Żydów przywożonych do KL Auschwitz od września 1943 do maja 1944 r. z obozu-getta w Terezinie. Umieszczono ich w specjalnym obozie rodzinnym w Birkenau (BIIb), w związku z czym dzieci przebywały tam razem z rodzicami. Czasowe funkcjonowanie (przez 11 miesięcy) tego obozu rodzinnego, podobnie jak w przypadku obozu dla Cyganów, było propagandowym kamuflażem. W tym przypadku chodziło o wprowadzenie w błąd opinii publicznej, jak również samych ofiar, co do prawdziwego celu „deportacji na Wschód”.