1990-1999
1990
- wizyta przedstawicieli Fundacji Ronalda Laudera. Jej wynikiem było opracowanie projektu zachowania i konserwacji obiektów Auschwitz. Został on później przesłany rządom państw, z których kierowane były transporty do Auschwitz i stał się podstawą do akcji zbierania funduszy ze środków obcych państw na cele konserwatorskie.
- pierwsze posiedzenie Międzynarodowej Rady Muzeum. Jej przewodniczącym zostaje jednogłośnie wybrany prof. Władysław Bartoszewski.
- powstała Fundacja Pamięci Ofiar Obozu Zagłady Auschwitz-Birkenau, która gromadzi fundusze: na utrzymanie oraz konserwację terenów i obiektów byłego obozu, a także muzealiów i archiwaliów; na działalność badawczą, wydawniczą i wystawienniczą, dokumentującą i upowszechniającą wiedzę o zbrodniach popełnionych na tym terenie; na upowszechnianie wiedzy o zbrodniach hitlerowskiego ludobójstwa i kultywowanie pamięci o ofiarach Auschwitz — Birkenau.
- III Międzynarodowa Konferencja Muzeów Martyrologii.
1991
- odzyskanie z Państwowego Archiwum w Moskwie 4 tomów Ksiąg Zmarłych, zawierających akty zgonu, wystawione w KL Auschwitz;
- komunikat z posiedzenia Międzynarodowej Rady Muzeum o pilnej potrzebie sporządzenia dokumentacji strefy ochronnej.
1992
- odzyskanie dalszych 42 tomów Ksiąg Zgonu. Łącznie Muzeum otrzymało zwrot około 69 000 aktów zgonu;
- wpisanie do rejestru zabytków województwa bielskiego bocznicy kolejowej i rampy rozładowczej tzw. Judenrampe na którą przywożono deportowanych do Auschwitz i gdzie naziści przeprowadzali wśród nich selekcje;
- Międzynarodowa Konferencja "Pedagogika po Auschwitz", zorganizowana we współpracy z Miejscem Pamięci Bergen-Belsen.
1993
- pierwsze seminarium dla pracowników i przewodników Muzeum, w Instytucie Pamięci Yad Vashem w Jerozolimie. Seminaria takie odbywają się od tego czasu co roku i obejmują także pracowników innych muzeów martyrologii w Polsce oraz nauczycieli;
- Międzynarodowa Konferencja "Przyszłość Oświęcimia" na temat zachowania i konserwacji terenów i obiektów poobozowych;
- opracowanie przez Państwowe Muzeum Oświęcim -Brzezinka "programu zintegrowania terenów b. obozów Auschwitz I i Auschwitz II oraz nowych sposobów prezentacji historii i upamiętnienia ofiar".
- II Międzynarodowa Konferencja "Pedagogika po Auschwitz".
- opracowanie projektu upamiętnienia tzw. Judenrampe.
1994-1995
- wprowadzenie nowego systemu objaśnienia i upamiętnienia najważniejszych miejsc na terenie b. obozu Birkenau.
1995
- międzynarodowe uroczystości z okazji 50 rocznicy oswobodzenia KL Auschwitz przez Armię Czerwoną.
- wpisanie terenów Państwowego Muzeum Oświęcim-Brzezinka do rejestru zabytków województwa bielskiego.
1996
- zatwierdzenie przez polski rząd Oświęcimskiego Programu Strategicznego.
1997
- uroczystości związane z 50 Rocznicą utworzenia Państwowego Muzeum Oświęcim-Brzezinka.
- ogłoszenie zamkniętego konkursu na projekt aranżacji budynku tzw. Sauny na terenie byłego obozu Birkenau.
1998
- otwarcie w Muzeum w Oświęcimiu rocznego, podyplomowego studium dla polskich nauczycieli zorganizowanego przy współpracy z Wyższą Szkołą Pedagogiczną w Krakowie na temat "Totalitaryzm, Faszyzm, Holocaust".
- zakończenie konkursu na projekt aranżacji budynku tzw. Sauny i ogłoszenie werdyktu.
1999
- międzynarodowa konferencja poświęcona konserwacji słupów betonowych KL Auschwitz-Birkenau;
- 11 Marsz Żywych. Bierze w nim udział blisko dwa tysiące uczestników, w tym kilkuset Polaków. Jest to pierwszy marsz z tak dużą liczbą młodzieży nieżydowskiej;
- wchodzi w życie ustawa o ochronie miejsc pamięci. Określona zostaje strefa ochronna wokół Muzeum;
- użytkownikom internetu udostępniona zostaje strona WWW Muzeum i Miejsca Pamięci Auschwitz-Birkenau;
- badania socjologiczne obejmujące grupy młodzieży zwiedzającej były obóz, ich opiekunów – nauczycieli i przewodników;
- zmiana nazwy muzeum na Państwowe Muzeum Auschwitz-Birkenau w Oświęcimiu na podstawie ustawy Ministra Kultury i Sztuki z dnia 7 maja 1999 roku