Przebieg zagłady
Przebieg przeprowadzanych na rampach selekcji przedstawiał się następująco: po opuszczeniu wagonów kolejowych rozdzielano rodziny i ustawiano wszystkich ludzi w dwóch kolumnach. W jednej kolumnie ustawiano mężczyzn i większych chłopców, w drugiej kobiety i dzieci obojga płci. Następnie osoby te doprowadzano przeważnie do lekarzy esesmanów lub innych funkcjonariuszy obozowych biorących udział w selekcji, którzy oceniając z wyglądu stających przed nimi ludzi, niekiedy po uzyskaniu od nich krótkich wyjaśnień odnośnie wieku i zawodu, decydowali o ich życiu lub śmierci.
Jednym z podstawowych kryteriów selekcji był wiek. Z reguły na śmierć kierowano wszystkie dzieci w wieku poniżej 16 lat (w 1944 r. poniżej 14 lat) oraz ludzi starych. Z poszczególnych transportów wybierano do pracy od kilku do kilkudziesięciu procent (przeciętnie statystycznie około 20%). Ludzi tych odprowadzano do obozu, rejestrowano jako więźniów i oznaczano kolejnymi numerami w poszczególnych seriach numerowych. W ten sposób wybrano z około 1,1 mln deportowanych do obozu Żydów około 200 tys. osób. Pozostałych w liczbie około 900 tys. uśmiercono w komorach gazowych.
Ludzi wybranych w czasie selekcji na śmierć – mężczyzn , kobiety i dzieci – esesmani eskortowali do komór gazowych (najpierw do komory gazowej przy krematorium I i tzw. bunkrów 1 i 2, a od wiosny 1943 r. do komór gazowych przy krematoriach II, III, IV i V.
Niezdolnych do marszu odwożono samochodami ciężarowymi, natomiast pozostałych prowadzano pieszo. Przed wprowadzeniem do komory gazowej ludzie musieli się rozebrać. W krematorium I ludzie rozbierali się albo na otoczonym murem podwórku albo w przedsionku, natomiast przy bunkrach 1 i 2 wybudowano w tym celu drewniane baraki. Przy krematoriach II-V znajdowały się specjalne pomieszczenia-rozbieralnie.
W 1944 r. w przypadku dużego napływu transportów ludzie przewidziani do uśmiercenia w komorach gazowych przy krematorium V rozbierali się również na zewnątrz budynku, a ludzie skierowani do komory gazowej przy krematorium IV, po zamieszkaniu tamtejszej rozbieralni przez Sonderkommando, rozbierali się w specjalnie zbudowanym baraku.
Przez cały czas esesmani utrzymywali ludzi przeznaczonych na śmierć w nieświadomości tego, co ich czeka. Mówiono im, że zostaną skierowani do obozu, wcześniej jednak muszą przejść procedurę dezynfekcji i kąpieli. Po rozebraniu się wprowadzano ofiary do komory gazowej, gdzie je zamykano i zabijano gazem – Cyklonem B.
Po ich uśmierceniu więźniowie Sonderkommando wyciągali zwłoki z komór gazowych, następnie obcinali kobietom włosy, usuwali wszystkim metale dentystyczne i zdejmowali biżuterię, po czym zwłoki były palone w dołach, na stosach lub w piecach krematoryjnych (do września 1942 r. część zwłok grzebano w masowych mogiłach; zwłoki te zostały spalone w okresie od września do listopada 1942 r.).
Niedopalone kości rozdrabniano tłuczkami na proszek, a następnie wraz z popiołami zatapiano w Sole i w Wiśle, w okolicznych stawach, rozsypywano po polach jako nawóz, lub zasypywano nimi zagłębienia terenowe i bagna.