Założenie KL Auschwitz
W tym samym czasie policja niemiecka kontynuowała zainicjowane już we wrześniu 1939 roku aresztowania Polaków. Osadzano w więzieniach lub po prostu rozstrzeliwano na miejscu członków powstających licznie organizacji ruchu oporu, nauczycieli, urzędników, artystów, księży, polityków, przedstawicieli elit intelektualnych. Aresztowano i kierowano do obozów koncentracyjnych osoby winne zupełnie drobnych przestępstw, o czym świadczą wpisy do akt obozowych („chciał zbiec z miejsca robót przymusowych”, „powiedział, że Niemcy nie wygrają tej wojny”, „śpiewał polski hymn narodowy”, „nie oddał radia”, „skaleczył niemieckiego konia”).
Niektórych Polaków więziono i zabijano jako zakładników za sabotaże lub akcje ruchu oporu, ponadto na ulicach miast zatrzymywano przypadkowych przechodniów („łapanki”) i zsyłano do obozów. Działania te, choć nieporównywalne co do skali z późniejszą zagładą Żydów, dotknęły jednak w krótkim czasie dziesiątki tysięcy ludzi. Już wkrótce areszty, więzienia i obozy koncentracyjne w Niemczech nie były w stanie pomieścić kolejnych zatrzymywanych przez policję Polaków. Dlatego wiosną 1940 roku w Oświęcimiu (którego nazwę Niemcy zmienili na Auschwitz) przystąpiono do organizacji pierwszego obozu koncentracyjnego na okupowanych terenach Polski. Przez prawie dwa lata więziono w nim w ogromnej większości Polaków. W coraz liczniej nadchodzących transportach znajdowali się także polscy Żydzi, choć było ich wówczas jeszcze niewielu. Obóz zorganizowano na wzór przedwojennych obozów koncentracyjnych w „Starej Rzeszy”, a panująca w nim olbrzymia śmiertelność wynikała z głodu, chorób i wyniszczającej pracy.
W końcu 1941 roku praktycznie wszyscy Żydzi na okupowanych ziemiach polskich znajdowali się w gettach lub w obozach pracy przymusowej. Pomimo wielkiej liczby ofiar głodu i epidemii wydawać się mogło, że getta istnieć będą jeszcze przez kilka lat, zwłaszcza, że Niemcy w coraz większym stopniu zaczęli wykorzystywać żydowską siłę roboczą w różnego typu warsztatach i zakładach produkcyjnych. W tym kontekście początkowo nie wydawały się bezzasadne nadzieje przewodniczących rad żydowskich (Czerniakow, Rumkowski), że przynajmniej część mieszkańców gett zdoła przetrwać do końca wojny. W miarę upływu czasu stawały się one jednak coraz mniej realne, zwłaszcza w świetle wydarzeń, jakie miały miejsce na zajętych przez Wehrmacht terenach Związku Sowieckiego.