Struktura organizacyjna obozu
W okresie od 1 marca 1942 do 22 listopada 1943 obóz w Brzezince był podporządkowany komendantowi całego kompleksu obozów Auschwitz, Rudolfowi Hössowi. W wyniku przeprowadzonej na rozkaz Himmlera reorganizacji i podziału obozu Auschwitz na trzy odrębne obozy, obóz w Brzezince został przemianowany na obóz koncentracyjny Auschwitz II, na czele którego stanął komendant Fritz Hartjenstein (zastąpiony 8 maja 1944 r. przez Josefa Kramera). Stan ten utrzymał się do 25 listopada 1944 r, kiedy to ponownie połączono Auschwitz I z Auschwitz II w jeden obóz o nazwie Konzentrationslager Auschwitz, nad którym władzę przejął dotychczasowy komendant KL Auschwitz I Richard Baer.
W latach 1942-1945 na terenie obozu w Brzezince powstało kilka odrębnych jednostek organizacyjnych, zwanych również obozami, oraz wspomniany wyżej kompleks urządzeń masowej zagłady. Poszczególnymi częściami obozu w Brzezince kierowali kierownicy (Lagerführer), którym z kolei podlegali podoficerowie raportowi (Rapportführer) i nadzorcy bloków (Blockführer).
Komendantowi KL Auschwitz II podlegały również podobozy przy gospodarstwach rolno-hodowlanych leżące na obszarze interesów obozu (Interessengebiet).
Jako pierwszy spośród kilku założonych tam obozów w marcu 1942 r. powstał obóz męski dla więźniów różnych narodowości; do lipca 1943 r. mieścił się on w sektorze BIb.
W sierpniu 1942 r., powstał obóz żeński, który początkowo obejmował sektor BIa, a od lipca 1943 r. również sektor BIb. Początkowo w obozie tym przebywało ponad 10 000 więźniarek różnych narodowości (w większości Żydówki, ponadto Polki, Niemki i inne), które przeniesiono tam z obozu Auschwitz I, gdzie przebywały czasowo w okresie od 26 marca do sierpnia 1942.
W 1943 r. na odcinku BII uruchomiono siedem nowych jednostek administracyjnych.
Najwcześniej, w lutym 1943 r., powstał rodzinny obóz dla Cyganów ( sektor BIIe). Do końca istnienia obozu umieszczono w nim około 23 000 Cyganów, z Niemiec, Austrii, Protektoratu Czech i Moraw oraz ziem wcielonych do Trzeciej Rzeszy. Obóz ten zlikwidowano w dniu 2 sierpnia 1944 r., zabijając w komorach gazowych około 3000 przebywających jeszcze w nim Cyganów.
W lipcu 1943 r. utworzono obóz męski (sektor BIId) dokąd przeniesiono mężczyzn z sektora BIb .
W tym samym miesiącu utworzono obóz szpitalny dla mężczyzn różnych narodowości (sektor BIIf).
W sierpniu 1943 r. utworzono obóz kwarantanny dla więźniów mężczyzn różnych narodowości (sektor BIIa).
W dniu 8 września 1943 r. powstał obóz rodzinny dla Żydów z Teresina (sektor BIIb). Umieszczono w nim w ciągu 1943 i 1944 r. około 18 000 Żydów z getta w Trezinie. Był to drugi po cygańskim obóz, w którym mężczyźni przebywali razem z kobietami i dziećmi.
Obydwa obozy rodzinne utworzono przypuszczalnie dla celów propagandowych. Wysyłana m.in. z obozu rodzinnego BIIb niekiedy obowiązkowo (Briefaktion), cenzurowana korespondencja o specjalnej narzuconej treści, miała wprowadzić w błąd opinie publiczną i same potencjalne ofiary co do celu przeprowadzanych przez władze Trzeciej Rzeszy akcji deportacji Żydów.
W grudniu 1943 r. uruchomiono w ostatnim sektorze tego odcinka (BIIg) kompleks magazynów, przeznaczonych głównie do składowania i segregacji bagażu skonfiskowanego masowym transportom żydowskim (Kanada II).
W 1944 r. powstały trzy obozy przejściowe: dwa dla Żydówek (BIIc i BIII) oraz jeden obóz przejściowy dla Żydów (BIIe) w wolnych barakach obozu cygańskiego.
Urządzenia masowej zagłady, tj. komory gazowe służące do zabijania ludzi i krematoria służące do spopielania zwłok zabitych, stanowiły wyodrębniony zespół obiektów podporządkowany ogólnie komendantowi obozu, jako odpowiedzialnemu za przebieg zagłady, a bezpośrednio Politische Abteilung. Po podziale obozu na trzy części dowódca garnizonu rozkazem nr 53/43 powierzył nadzór nad akcją i urządzeniami bezpośredniej zagłady komendantowi KL Auschwitz II, jako równocześnie kierownikowi Placówki Dowodzenia Auschwitz (Do Specjalnych Zadań) [Befehlstelle Auschwitz (für besondere Aufsätze)].
Zarówno w czasie, gdy kompleks obozów w Brzezince podlegał komendantowi KL Auschwitz jak i później, kiedy stał się samodzielnym obozem koncentracyjnym, obóz ten był ściśle związany z pozostałymi obozami tzn. Auschwitz I (obóz macierzysty) i Auschwitz III (podobozy). Komendanci tych obozów byli bowiem rozkazem dowódcy garnizonu Auschwitz z dnia 22 listopada 1943 r. zobowiązani do ścisłej ze sobą współpracy, przy czym komendant Auschwitz I pełnił funkcje dowódcy garnizonu oświęcimskiego i został wyznaczony komendantem starszym służbowo (dienstältester) w stosunku do pozostałych komendantów z uprawnieniami do rozstrzygania kwestii spornych. W obozie Auschwitz I mieściła się nadal garnizonowa administracja, centralne biuro zatrudnienia, oddziału politycznego oraz siedziba lekarza garnizonowego, który był zwierzchnikiem służby zdrowia we wszystkich obozach.